特殊工时制度是指不同于标准工作时间的用工方式，主要包括综合计算工时和不定时工时两种类型。这些制度的设立是为了适应某些特定行业或职位的灵活性和不规律性工作特点。以下是有关特殊工时制度在劳动合同中合规约定的指南，以及相应的法律规定和案例分析。

一、综合计算工时制（Comprehensive Calculation of Working Hours） 1. 定义： 综合计算工时制是指通过以周、月、季、年等为周期对职工的工作时间进行综合计算的方式。在这种制度下，单个工作日允许超过8小时的标准工作时长，但在计算周期内总的工作时间不应超过法定最高限额。

1. 适用范围： 根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条的规定，企业因生产特点不能实行本法第三十六条、第三十八条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。这通常适用于交通、旅游、餐饮等行业中具有较强季节性特征的职位。

2. 法律规定：

3. 《国务院关于职工工作时间的规定》第七条：“国家机关、事业单位实行统一的工作时间，星期六和星期日为周休息日。企业和不能实行前款规定的统一工作时间的单位，可以根据实际情况灵活安排周休息日。”

4. 《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（三）》第六条规定：“当事人在劳动合同或者保密协议中约定了竞业限制和经济补偿，当事人解除劳动合同时，除另有约定外，用人单位要求劳动者履行竞业限制义务，或者劳动者履行了竞业限制义务后要求用人单位支付经济补偿的，人民法院应予支持。”

5. 案例分析： 在某航空公司与飞行员之间的劳动合同纠纷案中，法院认定航空公司有权采用综合计算工时的做法，因为飞行员的职业特性决定了其工作时间和休息时间难以按照传统的每天八小时进行划分。但与此同时，法院也强调航空公司有责任确保飞行员的总工作时间不超过法律规定的上限，并保障飞行员的休息权利。

二、不定时工时制（Irregular Working Hours System） 1. 定义： 不定时工时制是一种没有固定上下班时间表的工作制度，它通常适用于那些工作时间无法提前确定或受员工个人控制的工作岗位。例如销售人员、高管、出租车司机等。

1. 适用范围： 根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条的规定，对实行不定时工时制的职工，用人单位应当根据标准工时制度合理确定劳动定额或其他考核标准，并以之为基础计算加班工资。

2. 法律规定：

3. 《中华人民共和国劳动法》第四十一条规定：“用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。”

4. 《中华人民共和国劳动合同法》第五十八条第一款规定：“用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。”

5. 案例分析： 在某销售公司与其销售代表之间的一起诉讼案件中，销售代表主张自己应该享有加班费，因为他经常在工作日晚上和周末回复客户邮件和工作信息。然而，法院最终判决该公司无需支付加班费，因为它已经事先明确告知销售代表他们的工作性质属于不定时工时制，且公司内部规章制度中对加班费的发放有明确规定。

结论： 特殊工时制度的实施必须符合相关法律法规的要求，包括但不限于以下几点： - 获得必要的政府审批或备案手续。 - 在劳动合同中清晰地约定特殊工时工作的具体内容和要求。 - 建立合理的考勤记录和加班管理制度。 - 确保员工的实际工作时间不会严重违反法定最长工作时限。 - 遵守当地劳动法关于最低工资和加班费的相关规定。

综上所述，企业在制定和执行特殊工时制度时，应充分考虑员工的权益保护，并在实践中不断优化和完善相关管理措施，以确保用工关系的合法性和稳定性。